El Dr. Heinz Doofenshmirtz: Es el enemigo de Perry el Ornitorrinco. Sin embargo mantienen algo más que una relación, en el sentido de que ambos aman odiarse el uno al otro. En el episodio La máquina del tiempo Doofenshmirtz encuentra a otro enemigo, el agente Peter el Panda, motivo por el cual Perry se siente desplazado. En ese episodio, ambos terminan en una parodia del show del Dr.Phil con la finalidad de recibir orientación para superar la situación. Doofenshmirtz también ha declarado que Perry es su mejor amigo en "Las crónicas de Meap." y Perry ha terminado ayudándolo en varias ocaciones, como en "Fuga de Cerebros", cuando le ayuda a hacer de DJ, para enorgullecer a Vanessa

Mayor Monogram: Es su jefe. Él le brinda indicaciones acerca de los malvados planes de Doofenshmirtz. En una ocasión le hace una broma junto con Carl y lo lleva a disfrazarse de cuervo.

 Perry es un ornitorrinco que lleva una doble vida como mascota de los protagonistas de la serie y como agente secreto. Su nombre de espía es "Agente P.". Trabaja para el Mayor Monograma. Su principal objetivo es derrotar al malvado Dr.doofenshmirtz   impidiendo que lleve a cabo sus tontos y malvados planes, el cual siempre termina en desaparecer por casualidad los planes de Phineas y Ferb. Fue asigando cuando Phineas tenia 5 años, ya que mientras Phineas y Ferb buscaban una mascota la mamà de Phineas le dija este que lo miranan, igualmente el papà de Ferb le dijo que a el lo miraba un perro mientras canace diji que a ella ningùn animal la miraba, finalmente Phienas eligio a Perry por que gracias a la orientacion de sus ojos hacia que mirara a Phienas y Ferb, tambien Phineas refirio que el nombre que se le iba poner a Perry era Bartolome pero finalmente decidieron por Perry.

Agente P. es el nombre secreto de Perry. La transformación de Perry en el Agente P. ocurre en el momento en que éste comienza a caminar en 2 patas, la orientación de sus ojos se vuelve normal, y en el momento en que se coloca su peculiar sombrero de agente.
Perry entonces se dirige a recibir información del Mayor Monograma acerca de los planes de Doofenshmirtz. Para ello, Perry se dirige a su guarida, aprovechando cualquier descuido de Phineas y Ferb. Para ingresar, Perry utiliza diversos medios de acceso/escape.